8.х Доп. внешние обработки по заполнению таб. частей

Ну вытащите вначале во внешнюю обработку и пройдите ее отладчиком. Вы вообще попадаете в цикл по результату?

Куча лишних условий у Вас.

Код:

Процедура Инициализировать(Объект,ИмяТабличнойЧасти,ТабличноеПолеОбъекта) Экспорт
Запрос = Новый Запрос;
Запрос.УстановитьПараметр("Ссылка", Объект.Ссылка) // Это будет работать ТОЛЬКО для записанного документа!!!
Запрос.Текст = 
"ВЫБРАТЬ
|    ОприходованиеТоваровТовары.СерияНоменклатуры КАК СерияНоменклатуры,
|    ОприходованиеТоваровТовары.Номенклатура,
|    ОприходованиеТоваровТовары.НомерСтроки,
|    ОприходованиеТоваровТовары.Цена,
|    ОприходованиеТоваровТовары.Количество
|ИЗ
|    Документ.ОприходованиеТоваров.Товары КАК ОприходованиеТоваровТовары
|ГДЕ
|    ОприходованиеТоваровТовары.Ссылка = &Ссылка
|    И ОприходованиеТоваровТовары.Номенклатура.ВестиПартионныйУчетПоСериям
|    И ОприходованиеТоваровТовары.Номенклатура.ВестиУчетПоСериям";

Результат = Запрос.Выполнить().Выбрать();
Пока Результат.Следующий() Цикл

Если Результат.СерияНоменклатуры.Пустая() Тогда
НовыйЭлемент = Справочники.СерииНоменклатуры.СоздатьЭлемент();
НовыйЭлемент.Владелец = Результат.Номенклатура;
НовыйЭлемент.Наименование = "ОТиУ №" + Объект.Номер + " от " +  Формат(Объект.Дата,"ДФ=dd.MM.yyyy") + " Цена:" + Результат.Цена + " грн."  + "к." + Результат.Количество;

Если Объект.Товары.СерияНоменклатуры.ОтражатьВУправленческомУчете Тогда            
// Это что за условие? Откуда у табличной части такой реквизит?
НовыйЭлемент.Наименование = НовыйЭлемент.Наименование+"; у/у";   
КонецЕсли;

Если Объект.Товары.СерияНоменклатуры.ОтражатьВБухгалтерскомУчете Тогда 
// Это что за условие? Откуда у табличной части такой реквизит?
НовыйЭлемент.Наименование = НовыйЭлемент.Наименование+"; б/у";
КонецЕсли;
НовыйЭлемент.Записать();

Объект.Товары[Результат.НомерСтроки - 1].СерияНоменклатуры = НовыйЭлемент.Ссылка;
КонецЕсли;
КонецЦикла;
КонецПроцедуры